Изучение механизмов лекарственной устойчивости рака толстой кишки на основе сетевого подхода с помощью анализа фосфопротеомных временных рядов
Аберрантная активность сигнальных путей — отличительная черта опухолевого генеза и прогрессии, на основе которой уже более 30 лет разрабатываются препараты для таргетной терапии. Однако механизмы адаптивной резистентности, вызванные быстрой, контекстно-специфической перестройкой сигнальных сетей, по-прежнему приводят к снижению эффективности лечения.
Используя прогресс в протеомных технологиях и сетевых методологиях, мы представляем алгоритм Virtual Enrichment-based Signaling Protein-activity Analysis (VESPA), предназначенный для изучения механизмов клеточного ответа и адаптации к лекарственным пертурбациям, и используем его для анализа 7-точечных фосфопротеомных временных рядов из клеток колоректального рака, обработанных клинически эффективными ингибиторами. Взаимодействие фермента и субстрата, специфичное для опухоли, позволяет точно определить активность киназы и фосфатазы на основе состояния фосфорилирования их субстрата, учитывая перекрестные помехи сигнала и неполный охват фосфопротеома.
