Абстракт
Введение
KLF5 играет решающую роль в стволовых клетках толстой кишки в сотрудничестве с геном Lgr5. В этом исследовании мы стремились объяснить механизм регуляции продукта гена KLF5 с точки зрения трехмерной структуры генома при колоректальном раке (CRC).

Методы
Сконструированный in vitro метод иммунопреципитации хроматина, опосредованный ДНК-связывающей молекулой (enChIP) -seq, был использован для идентификации областей, которые связываются с промотором KLF5.

Результаты
Мы обнаружили, что промоторная область KLF5 взаимодействует с энхансерной областью KLF5, а также с областью сайта начала транскрипции (TSS) гена транскрипта 1, ассоциированного с раком толстой кишки (CCAT1). Примечательно, что гетероделеционные мутанты энхансера KLF5 нарушали раковые стволовые свойства клеток CRC. Белок KLF5 участвует в основной регуляторной схеме вместе с кофакторами (BRD4, MED1 и RAD21), которые конструируют трехмерные структуры генома, состоящие из промотора KLF5, энхансера и TSS-области CCAT1. Анализ in vitro показал, что KLF5 регулирует экспрессию CCAT1, и мы обнаружили, что экспрессия CCAT1 сильно коррелировала с экспрессией KLF5 в клинических образцах CRC.

Выводы
Наши данные предлагают механистическое понимание того, что белок KLF5 конструирует ядро-регуляторную схему с кофакторами в трехмерной структуре генома и координирует экспрессию KLF5 и CCAT1 в CRC.

A stem cell marker KLF5 regulates CCAT1 via three-dimensional genome structure in colorectal cancer cells. Takashi Takeda, Yuhki Yokoyama, Hidekazu Takahashi, Daisuke Okuzaki, Kaho Asai, Hiroaki Itakura, Norikatsu Miyoshi, Shogo Kobayashi, Mamoru Uemura, Toshitsugu Fujita, Hiroo Ueno, Masaki Mori, Yuichiro Doki, Hodaka Fujii, Hidetoshi Eguchi, Hirofumi Yamamoto.

British Journal of Cancer (2021)